Na noite do dia 02 de setembro de 2018 o Paço de São Cristóvão que abrigava grande parte do acervo do Museu Nacional foi atingindo por um incêndio de grandes proporções. Este foi o maior desastre da história da instituição. Documentos, livros e coleções desapareceram; salas de aula, arquivos e laboratórios viraram cinzas. Após o ocorrido, o corpo social do Museu Nacional foi tomado por um profundo sentimento de luto e de perda total. Felizmente, este não foi desfecho obtido. Graças ao duro trabalho da equipe de Resgate de Acervos do Museu Nacional, inúmeras coleções puderam ser recuperadas, parcial ou inteiramente modificadas pela ação do fogo. O inventário do material resgatado está em curso. No que se refere às coleções do Setor de Etnologia e Etnografia (SEE), elas foram severamente atingidas. Aquilo que era constituído de materiais frágeis e de pouca resistência, como é o caso das peças de plumária, tecido e madeira, foi maiormente danificado. A grande maioria, inclusive, desapareceu. Já as peças constituídas de materiais de maior durabilidade foram boa parte localizadas, como as cerâmicas e os metais.
Além das coleções que estavam guardadas na reserva técnicaou expostas nas salas de exibição, foi também destruído o espaço de trabalho da equipe técnica do SEE. Computadores, mobiliário e documentos não resistiram ao desastre. Sem condições materiais para dar início ao trabalho no pós-incêndio, a equipe contou com a colaboração e solidariedade de uma instituição historicamente parceira do Museu Nacional: o Colégio Pedro II. A reitoria do Colégio cedeu então um espaço na unidade Tijuca para que a equipe técnica do SEE pudesse retomar as atividades. Foi ali, com o apoio da direção daquela unidade, que o SEE iniciou o trabalho de reconstrução. O aporte financeiro veio da Fundação Vale, que permitiu a obtenção de equipamentos, a contratação de profissionais e a aquisição, tratamento e acondicionamento de novas coleções e das coleções resgatadas.