Localizado no primeiro pavimento, o laboratório foi constituído por equipamentos diversos, principalmente importados de Londres. Neste lugar, o monarca costumava passar considerável parte de seu tempo, talvez devido à proximidade do seu espaço de ciências: o Gabinete de Química ficava cercado pelas salas do “Museu do Imperador”.

No lugar do antigo Gabinete de Química, encontra-se agora o atual laboratório de Química do Departamento de Geologia e Paleontologia.

Foto: Clinômetro que pertenceu a D. Pedro II, utilizado para análise de minerais. Trata-se de um instrumento científico utilizado por geólogos para medir a inclinação, em graus positivos ou negativos, entre um plano inclinado e um plano horizontal ou vice-versa. Na parte superior existem as seguintes inscrições gravadas: “IMPERADOR D. PEDRO II”; o desenho das armas imperiais e a data: “Rio de Janeiro, 26 de setembro de 1865”.