O Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Botânica) do Museu Nacional/UFRJ teve início em 1972 com o curso de Mestrado e, em 1998, foi implantado o curso de Doutorado, credenciado pela CAPES em dezembro de 2001. Seu pioneirismo e constante dedicação de seus integrantes vêm, desde então, desempenhando importante papel na pesquisa pura e aplicada, bem como na formação de recursos humanos nacionais na área da Botânica. A sua expressão como um dos principais pólos difusores de excelência na formação de recursos humanos reflete-se nas centenas de dissertações de Mestrado e dezenas de teses de Doutorado defendidas, bem como pela grande inserção de seus egressos em instituições de ensino e pesquisa, assim como no mercado de trabalho em geral.

O Programa tem conceito 4 pela CAPES.