Após
ser decretada a expulsão dos Jesuítas de Portugal
e de seus domínios coloniais, através da carta
régia de 4 de outubro de 1759, as terras da fazenda de
São Cristóvão, do Engenho Velho e do Engenho
Novo - como todas as propriedades jesuítas - foram subdivididas
em grandes chácaras. Um dos lotes foi adquirido por Elias
Antônio Lopes, em 1803, para a construção
de uma casa grande, que passou a ser conhecida como “Chácara
do Elias”.
Em
1808, com a vinda da família real portuguesa, foi criada a lei
das aposentadorias para acolher os transmigrados. Os fidalgos da comitiva
real escolheram as moradias já ocupadas e o juiz aposentado fazia
as intimações transformando-as em propriedade real.
Elias Antônio Lopes, pela ambição de ser generosamente
recompensado, apresentou sua casa grande a D. João VI, que aceitou
o grandioso presente. A residência real, denominada Paço
de São Cristóvão, passou a ser a preferida de D.
João VI, que levou para sua companhia três de seus filhos:
D. Miguel, D. Pedro I e D. Maria Tereza.

A partir de 1810, a residência passou por algumas reformas para ser transformada em aposentos reais e outras chácaras foram incorporadas ao terreno. No Paço de São Cristóvão, viveram D. João VI, D. Pedro I e D. Miguel e, posteriormente, as imperatrizes D. Leopoldina, D. Amélia e D. Teresa Cristina. Ali nasceram D. Pedro II, D. Maria da Glória e a Princesa Isabel. Homens ilustres como José Bonifácio de Andrada e Silva freqüentaram o Palácio e participaram da História do país.
O Palácio foi residência da Família real de 1808 a 1821; pertenceu à família imperial de 1822 a 1889; abrigou a primeira Assembléia Constituinte Republicana de 1889 a 1891 e é sede do Museu desde 1892.